Seit der Übernahme der Orgeltage im Jahre 1994 durch den Freundeskreis Musik und Denkmalpflege e. V. , stellte Michael Schönheit als Intendant das Festival alljährlich unter ein besonderes Motto.
Ab 2023 übernahmen die Vereinigten Domstifter zu Naumburg, Merseburg und des Kollegiatsstifts Zeitz die Planung und Durchführung des Festivals.
| 24. MOT 28.9.-2.10.1994 | „Der Choral im Wandel der Zeiten“ |
| 25. MOT 12.-17.9.1995 | „organo concertato“ |
| 26. MOT 24.-29.9.1996 | „Passion und Auferstehung“ |
| 27. MOT 30.9.-5.10.1997 | „Mendelssohn und Brahms“ |
| 28. MOT 29.9.-4.10.1998 | „Das Meisterwerk in Meisterhand – Bearbeitungen und Transkriptionen“ |
| 29. MOT 21.-26.9.1999 | „Propheten in der Musik“ |
| 30. MOT 19.-24.9.2000 | „Bach und Liszt“ |
| 31. MOT 18.-23.9.2001 | „Hymnen und Psalmen“ |
| 32. MOT 17.-22.9.2002 | „Aus der neuen Welt“ |
| 33. MOT 16.-21.9.2003 | „Kleine Orgel ganz groß“ – Wiedereinweihung des restaurierten Rückpositivs |
| 34. MOT 11.-18.9.2004 | „Krönung einer Königin“ – Die Wiedereinweihung der restaurierten Orgel |
| 35. MOT 21.-26.9.2005 | „Geburtstag einer Königin“ – Die Ladegast-Orgel wird 150 Jahre |
| 36. MOT 9.-17.9.2006 | „Von Mozart zu Schumann“ |
| 37. MOT 15.-23.9.2007 | „Von Pérotin bis Messiaen – Französische Musik aus 8 Jahrhunderten“ |
| 38. MOT 13.-21.9.2008 | „Händel, Haydn, Mendelssohn und ihre folgenreichen Englandreisen“ |
| 39. MOT 12.-20.9.2009 | „Sachsens Glanz – Jauchzet dem Herrn alle Welt“ |
| 40. MOT 11.-19.9.2010 | „Universum B A C H“ |
| 41. MOT 10.-18.9.2011 | „Franz Liszt“ |
| 42. MOT 15.-23.9.2012 | „Soli Deo Gloria – Von der Vielfalt der Musica sacra“ |
| 43. MOT 14.-22.9.2013 | „Aus fünf Jahrhunderten europäischer Musiktradition“ |
| 44. MOT 13.-21.9.2014 | „Maria und die heiligen Frauen – Marienbildnisse im Merseburger Dom“ |
| 45. MOT 12.-20.9.2015 | „Heilige Zahlen in der Musik – Von der Schöpfung bis zur Apokalypse“ |
| 46. MOT 10.-18.9.2016 | „Bach – Mozart – Reger“ |
| 47. MOT 16.-24.9.2017 | „Die Macht der Musik – Musica sacra über den Konfessionen“ |
| 48. MOT 08.-16.09.2018 | Zum 200. Geburtstag von Friedrich Ladegast |
| 49. MOT 14.- 22.09.2019 | “Pilgern” |
| 50. MOT 12.-20.09.2020 | Zum 250. Geburtstag von Ludwig van Beethoven |
| 51. MOT 11.-19.09.2021 | „Geweiht für die Ewigkeit“ – Der Gregorianische Choral, ein Begleiter durch 1000 Jahre |
| 52. MOT 10.-18.09.2022 | „Auf daß die Seele sich verschöne, gab uns der Himmel die Musik“ (Robert Schumann) Im Gedenken an Geburts- und Sterbetage großer Komponisten. |
| 53. MOT 09.-17.09.2023 | “Appetit An Reger” – Max Reger zum 150. Geburtstag |
| 54. MOT 07.-15.09.2024 | „Musikland Österreich“ Zum 200. Geburtstag von Anton Bruckner, dem 150. Geburtstag von Franz Schmidt und dem 150. Geburtstag von Arnold Schönberg |
| 55. MOT 13.-21.09.2025 | Zum 275. Todesjahr von J. S. Bach. „Johann Sebastian Bach in Vergangenheit und Gegenwart“ |
| 56. MOT 12.-20.09.2026 | “Musikland Ungarn” – Von der Heiligen Elisabeth bis zu dem Buch mit sieben Siegeln. |
| 57. MOT 09.-17.09.2027 | “Beethoven” |
| 58. MOT 2028 | “Die klingenden Kathedralen Europas” |